V okolí města Třeboň se rozkládá
Třeboňská, resp.
Rožmberská rybniční soustava.
Přestože nejstarší rybníky vznikaly na Třeboňsku v důsledku příhodných geografických podmínek už ve 14. a 15. století, ráz a charakter třeboňské krajině vtiskly systematické úpravy rybníkářů
Štěpánka Netolického a Jakuba Krčína z Jelčan.
Největším rybníkem nejen v České republice, ale i ve střední Evropě je
rybník Rožmberk. V roce 1922 byla pod hrází rybníka vybudovaná malá vodní elektrárna. Rybník navrhl rožmberský regent Jakub Krčín z Jelčan a byl postaven v letech 1584 až 1590.
Čtrnáctým největším rybníkem v ČR je
rybník Svět. Rybník byl vybudován Jakubem Krčínem v 70. letech 16. století. Původně byl tento rybník větší, ale po povodni na počátku 17. století byl rozdělen na dva rybníky, a to Svět a Opatovický. Na hrázi rybníka stojí socha Jakuba Krčína z Jelčan. Rybník je napájen Zlatou stokou. V současné době je rybník vyhledávaným rekreačním místem.
Zlatá stoka je vodní kanál napájející rožmberskou rybniční soustavu z řeky Lužnice. Zlatou stoku nechal vybudovat v letech 1506 až 1520 Štěpánek Netolický. Zlatá stoka je 45 km dlouhá.
Stará řeka je původní, čili hlavní tok řeky
Lužnice, který napájí rybník Rožmberk a z něj dále pokračuje k městu Veselí nad Lužnicí.
Nová řeka je uměle vybudovaný vodní kanál, který spojuje řeku Lužnici s řekou Nežárkou. Kanál nechal vybudovat v letech 1585 až 1587 Jakub Krčín. Účelem kanálu bylo regulovat tok vody v řece
Lužnici, jak při stavbě rybníka Rožmberk, tak i po jejím dokončení a napájet rybníky podél toku kanálu.